SECUENCIACIÓN AUTOMÁTICA DEL GEN HUMANO

SECUENCIACIÓN AUTOMÁTICA DEL GEN HUMANO

Objetivo

En esta práctica, leeremos secuencias de ADN obtenidos a partir de técnicas de secuenciación automáticas de ADN. Los datos se analizaron utilizando las bases de datos disponibles al público para identificar los genes y productos genéticos. 

Materiales

• Doce fragmentos de secuencias de ADN obtenidas automáticamente
• Ordenador 

Procedimiento

Ejercicio 1 

Ahora que está familiarizado con el proceso de inscripción y presentación de BLAST, lea el análisis de la secuencia de ADN de la copia impresa del gel (cualquier carril) y encuentre el gen que identifica esta huella. Para hacer esto:

 (1) Identificar la secuencia de nucleótidos (nucleótidos 100-200) a partir de la lectura de la secuencia de ADN. 

(2) Escriba al menos 70 bases en el cuadro de consulta del programa BLAST en la página web del NCBI. Las bases pueden ser de cualquier región de la secuencia, pero deben ser contiguas. 

(3) Examinar el informe de búsqueda BLASTN, identificar un gen probable, y examinar la identificación de genes para obtener información detallada.

SECUENCIA 1

-LÍNEA 1-





-LÍNEA 2-




-LÍNEA 3-





-LÍNEA 4-







SECUENCIA 2

-LÍNEA 1-





-LÍNEA 2-





-LÍNEA 3-




-LÍNEA 4-







SECUENCIA 3

-LÍNEA 1-





-LÍNEA 2-





-LÍNEA 3-





-LÍNEA 4-

Una vez que el gen ha sido identificado, responda a las siguientes preguntas:

1. ¿Cuál es el nombre de este gen?
El gen de la secuencia 1 es el  Ciclo de división celular 42 (proteína de unión a GTP) o CDC42 La CDC42 es una molécula reguladora intracelular clave que está implicada en la forma de la célula. En células de mamíferos, la proteína CDC42 regula el citoesqueleto de actina (el andamiaje de una célula) para producir una estructura filamentosa llamada filopodio, que están implicadas en la detección de otras células y el movimiento celular. Las mutaciones en CDC42 y sus proteínas asociadas se correlacionan con ciertos tipos de cáncer.

2. En comparación con la entrada GenBank, ¿qué cadena has leído?
He leído la primera secuencia

3. Al identificar una enfermedad causada por mutaciones en este gen. ¿Cuáles serían los motivos de un médico para realizar una búsqueda para esta enfermedad? ¿Y si quien realiza la búsqueda es una compañía de seguros? 

Diagnóstico para la discapacidad intelectual 

Secuencia de ADN 1

 Línea 1: GNNNNNTGGNNNNNNNATANTTGCGGCCGCGGTTTTNTTTTTTTNTTNNNCNNGGAGCACAANCNAATGNANTGTGTTGTTGTGGCGARGGCGARGGCGCCGTTHHTAAAACTGTCTCCTGATATCCTACACAACAAACAAATTTCAT

 Línea 2: CGGAGTATGTACCGACTGTTTTTGACAACTATGCAGTCACAGTTATGATTGGTGGAGAACCATATACTCTTGGACTTTTTGATACTGCAGGGCAAGTTATGACAGATTACGACCGCTCACTTATCCACAAACAG 

Línea 3: ATGTATTTCTAGTCTGTTTTTCAGTGGTCTCTCCATCTTCATTTGAAAACGTGAAAGAAAAGTGGTGCCTGAGATAACTCACCACTGTCCAAGACNCCTTTCTTGCTTGTTGGGACTCAAATTGATCTCAACGAGATGACCC

Línea 4: CTCTACTATTGAGAAACTTGCCAAGAACAAACAGAAGCCTATCACTCCANAGACTGGGTGAAAAGCTGGCCCGTGACCTGAANGCNGTCAAAGTATGTGGAGTGTTCTGCACTTACACAGCAGANGTCTGAAAAATGTGTTNATGAAGC

Secuencia 1: Ciclo de división celular 42 (proteína de unión a GTP) o CDC42 La CDC42 es una molécula reguladora intracelular clave que está implicada en la forma de la célula. En células de mamíferos, la proteína CDC42 regula el citoesqueleto de actina (el andamiaje de una célula) para producir una estructura filamentosa llamada filopodio, que están implicadas en la detección de otras células y el movimiento celular. Las mutaciones en CDC42 y sus proteínas asociadas se correlacionan con ciertos tipos de cáncer.

Secuencia de ADN 2

 Línea 1: TGCNNNNNTGGNTNNGGNNNNNATTGNNTCNCTNTACCATGCNNGNGCACAANGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGGCAAAGCGTACAAAGGTTCCAAGGGACAGGACCAAGAACGAGGGGCTGAGACATTTACAACAGCAGGCATT

 Línea 2: TTTCTCTTCCTCTTCTTCACGGGAGGCGGGCANAGGACTGCTCGGATCGCTTCGTCAAACACTGTCTTGAGGCCTCNCTGTGTGAGCGCCGAGCACTCCAGGTATTTTACAGCACCAATCTCCTTANCCATGGCTANAC

  Línea 3: CCCTGCGGATAGGTGATGGGAGTCAGCTTCTTCBCCTTCAGTTTCNCNATCGTGTCTTTATCATCCCTAAGATCAAGTTTAGTTCCCACTANGATGATGGGAGTGTTGGGACAGTGGTGCCGCACCTCAGGATACCACTT

  Línea 4: TGCACGGACATTTTCAAATGATGCAGGACTCACAAGGGAAAAGCAAATTAAGAACACATCTGTTTGCGGATAGGATAGGGGGCGTATTCTGTCATAATCTTCTTGTCCAGCTGTATCCCAAAAAGCCCAGATTCACCGGTTT

Secuencia 2: Ras relacionada con toxina botulínica C3 substrato 1 (familia rho, pequeña unión GTP de proteína Rac1) o RAC1 El gen RAC1 para una proteína reguladora que altera el citoesqueleto de actina para producir ondulaciones en la membrana, importantes para la motilidad celular. RAC1 es importante en un gran número de enfermedades, incluyendo el cáncer. Muchos tumores utilizarán la señalización RAC1 para conseguir un aumento de la motilidad y la capacidad invasiva, una de las primeras etapas requeridas para que el cáncer pueda propagarse por todo el cuerpo.

Secuencia de ADN 3 

Línea 1: TGNNNNNNTGNNNNNNNGNNANAACGAAGTGCAGACTCAAAAGTGCCATCTCCCTCCCGACCATTGGAGGATCCCAAGCTCTATGTTGCCCTTATTGTCACCAGTGACATTTAATTCCAAACAGGAGTCCTTCGGGCCAGCAA

Línea 2: GCTGCCCAGGCTTAGCTGCGAGCCCGTCATGGAGGAAAAAAGCTCAGGAGAAAACCAGTCTGTTGGAGAATGGGACAGTCCACCAGGGAGACACCTCGTGGGGCTCCAGCGGTTCTGCATCTCAGTCCAGCCAAGGCAGA 

Línea 3: GACAGCCACTCCTCCAGCCTGTCCGAACAGTACCCCGACTGGGCCAGCCGAGGACATGTTTGACCATCCCACCCCATGCGAGCTCATCAAGGGGAAAGACTAAGTCAGAGGAGTCCCTCTCTGACCTTACAGGTTCCCTCCCTCCTCTCC

Línea 4: CCTGCAAGCTTGATCTTGGGCCCTCACTTTTGGATGANGTGCTGAATGTTATGGATAAAAATAAGTAACTCGAGCATGCATCTAGAAGGGCCTATTCTATAATGTCACCTAAATGCTAAACCTCGCTGATCAGCCTCGACTGTGCCNT

Secuencia 3: proteína efectora CDC42 (Rho GTPasa vinculante) 3 o CDC42EP3 La CDC42 (secuencia 1) regula la formación de estructuras que contienen F-actina, mediante su interacción con diferentes proteínas efectoras. La CDC42EP3, una de estas proteínas efectoras, está implicada en la unión a la proteína CDC42, provocando cambios en la forma de una célula. Una célula detecta señales del ambiente externo mediante la creación de redes de moléculas de transmisión que indican a la célula cómo responder a dichas señales externas. Los defectos en estas moléculas de transmisión están implicados en muchas enfermedades, incluyendo cáncer.