domingo, 10 de marzo de 2019

PREPARACIÓN DEL GEL DE AGAROSA


Cuaderno de prácticas- Biologías molecular y citogenética                                              Práctica 4

PREPARACIÓN DEL GEL DE AGAROSA 

El objetivo de la práctica es prepara un gel de agarosa, para realizar la electroforesis. 

- MATERIALES 
  • Soporte para realizar el gel 
  • Topes 
  • Peine 
  • Matraz erlenmeyer
  • Embudo 
  • Vaso de precipitados 
  • Pipetas graduadas 
  • Varilla 
  • Cinta adhesiva
  • Balanza
  • Microondas
  • Parafilm


- REACTIVOS 
  • Agarosa en polvo 





  • Tampón de electroforesis 1x 



-PROCEDIMIENTO DE LA PRÁCTICA 

1. Preparación del molde
Lo primero que debemos hacer es coger los soportes para hacer los geles y cerrar los extremos con los topes, como no había suficiente para todos, cogimos cinta adhesiva y se la pusimos al soporte, por último cogimos el peine para hacer los pocillos.

2.Preparación del gel
Utilizaremos un matraz erlenmeyer de 100 mL para preparar la solución de gel. 
Como es un gel de 7x10, añadiremos 42 mL de tampón de electroforesis 1x más 0,40 gramos de agarosa en polvo (1%). 
Para realizar el tampón de electroforesis añadimos 450 mL de agua destilada.
  1. Pesar 0,40 gramos de agarosa en polvo en la balanza digital. 
  2. Coger 42 mL de tampón de electroforesis y echarla a un vaso de precipitados
  3. Añadir la agarosa al vaso de precipitado y mezclar con la varilla, para que se disuelva
  4. Echamos la mezcla en el matraz erlenmeyer con ayuda de un embudo, y lo movemos haciendo círculos con la muñeca. 
  5. Tapamos el matraz con parafilm, para que no se evapore la disolución.
  6. Metemos el matraz en el microondas para que se disuelva la agarosa. Le pusimos 4 minutos y a los dos minutos paramos el microondas para comprobar si se había disuelto toda la agarosa. La disolución estaría lista cuando fuera transparente. 
  7. Enfriamos la disolución a Tª ambiente. 
  8. Añadimos la disolución al molde y la dejamos en la mesa hasta que se solidifique. 
  9. Por último la metemos en la nevera envuelta en papel de aluminio y la etiquetamos. 
  10. Cuando el gel esté listo sacamos los topes con mucho cuidado. 














*Para el gel que lleve SYBR green añadimos 4,5 microlitros con una micropipeta a la mezcla.

sábado, 9 de marzo de 2019

PRÁCTICA CON EL GEL SINTÉTICO

Cuaderno de prácticas- Biología molecular y citogenética                                             Práctica 3

PRÁCTICA CON EL GEL SINTÉTICO 

Antes de realizar la PCR y la electroforesis, practicamos con un gel sintético de agarosa para rellenar lo pocillos. El objetivo de esta práctica es coger "práctica" para que a la hora de realizar la electroforesis y rellenar los pocillos del gel, no se salga el reactivo. 

- MATERIALES Y EQUIPOS 
  • Micropipeta 


  • Puntas de micropipetas 




  • Gel sintético de agarosa y cubeta para la electroforesis 



  • Microtubos

Resultado de imagen de eppendorf

  • Fuente de alimentación 



  • EPIS 


Resultado de imagen de epis laboratori

-REACTIVOS 
  • Agua destilada 


Resultado de imagen de agua destilada en frasco lavador
  • Colorantes azul y rojo 
Resultado de imagen de colorantes azul de metileno y rojo lugol



- PROCEDIMIENTO DE LA PRÁCTICA 
  1. Primero preparamos los colorantes y los introducimos en los microtubos. 
  2. A continuación preparamos la cubeta de electroforesis echándole agua destilada e introduciendo el gel sintético. 
  3. Cuando tengamos la cubeta, cogemos las micropipetas y las puntas. A continuación cogemos los colorantes y pipeteamos en los pocillos. Hay que tener mucho cuidado, ya que los colorantes no llevan ningún tipo de tampón de carga que haga que el reactivo se quede en el pocillo.












Lo mas normal que nos pasara es que se nos salieran los reactivos de los pocillos, pero conforme más veces lo hacíamos mejor nos salía. Lo hicimos varías veces, hasta que cogimos el "truco" y el colorante se quedaba en el pocillo.
Cuando terminamos, encendimos la fuente de alimentación para ver como funcionaba y como se programaba el voltaje y el tiempo. 

viernes, 8 de marzo de 2019

TINCIÓN DE CROMOSOMAS DE CÉLULAS CANCERÍGENAS PREFIJADAS

Cuaderno de prácticas- Biología molecular y citogenética                                               Práctica 2

TINCIÓN DE CROMOSOMAS DE CÉLULAS CANCERÍGENAS PREFIJADAS

El objetivo de esta práctica es es utilizar la tinción de giemsa para examinar el cariotipo de células cancerígenas. En este experimento las células han sido prefijadas en portaobjetos en metafase permitiéndonos teñir y observar los cromosomas condensados.

- MATERIALES Y EQUIPOS 
  • Cubreobjetos 
Resultado de imagen de cubreobjetos

  •   Microtubos 

  •    Micropipetas 






  • Microscopio 
Resultado de imagen de microscopio




  • Vasos de precipitados 


Resultado de imagen de vaso de precipitado


  • Papel absorbente 
Resultado de imagen de papel absorbente laboratorio






  • EPIS



Resultado de imagen de epis laboratorio




- REACTIVOS 
  • Agua destilada



Resultado de imagen de agua destilada
  • Medio de montaje




  • Tinción giemsa



  • Portaobjetos con células fijadas
Las células de este experimento es una línea celular inmortalizada de leucemia mieloide crónica que ha sido crecida en laboratorios durante décadas, contribuyendo a su inestabilidad genómica.
 Por tanto, estas células presentan un cariotipo anormal, el cromosoma Philadelphia, una segunda translocación entre el cromosoma 15 y 17, y un total de 68 cromosomas. 
 Para realizar un cariotipo, as células son cultivadas por un periodo breve de tiempo en el laboratorio y luego son tratadas con colchicina que inhibe la formación de microtubos y la división celular es detenida en la metafase.
Estas células son fijadas al porta y después se realiza la tinción con giemsa, que tiñe el ADN permitiendo visulizar los cromosomas al microscopio.

No debemos olvidar que para realizar cualquier tipo de práctica debemos tener sumo cuidado y trabajar con los EPIS y la técnica aséptica. Hay que evitar cualquier tipo de contaminación y hay que lavarse las manos con jabón antes de empezar y después de finalizar la práctica.

- PROCEDIMIENTO DE LA PRÁCTICA 

  1. Marcamos 12 microtubos, 6 con la palabra giemsa y 6 tubos con medio de montaje. 
  2. Para preparar el giemsa, añadimos 7 mL de agua destilada con una pipeta graduada al bote de giemsa y mezclamos por inversión. 
  3. Dispensamos 1 mL de de cada reactivo en cada microtubo . Para los microtubos que están marcados como medio de montaje no pudimos echar 1 mL para cada uno porque no había suficiente, pero tampoco hacía falta ya que solo necesitábamos un par de gotas por cada portaobjetos 
  4. Preparamos un vaso de precipitados para lavar el porta. Si lo hemos lavado una vez y no se ha ido del todo el colorante, tiramos el agua del vaso de precipitados y echamos nueva para poder lavarlo de nuevo. 
  5. Distribuimos las preparaciones para cada grupo, 1 porta, 2 micropipetas y 1 vaso con agua destilada por grupo.






-Tinción con giemsa 

  • Añadimos 250 microlitros de la tinción giemsa en el área del porta que contiene la extensión de células en metafase. Cuando se lo terminemos de añadir agitamos muy suavemente en forma de círculos para que el giemsa se extienda bien .
  • Lo dejamos incubar durante 15 minutos a Tª ambiente.
  • Eliminamos la tinción sobrante aspirando con la micropipeta y sumergimos cuidadosamente la preparación en el vaso de precipitados que contiene agua destilada durante 30 segundos. Si no se lava bien, tiramos el agua destilada y volvemos a rellenar el vaso de nuevo, después volvemos a meter el porta hasta que esté bien lavado. 
  • Lo dejamos secar a Tª ambiente durante 5-10 minutos. Para eliminar todo el agua inclinamos el porta para recoger el agua en un extremo y nos podemos ayudar con la punta de un papel secante. No podemos tocar el círculo que contiene las células, ya que podemos eliminarlas.
  • Utilizando la otra micropipeta añadimos 1 o 2 gotas de medio de montaje a las células teñidas.
  • Por último debemos colocar un cubreobjetos sobre el círculo que contiene a las células, debemos tener cuidado para que no se formen burbujas. 







-Observación al microscopio

Utilizamos un microscopio de campo claro, primero utilizamos un objetivo de 10x o 20x. Depués de visualizar la metafase, utilizamos el aceite de inmersión.
Movemos el campo de visión y contamos el número de cromosomas e identificamos la región del centrómero.
Nosotros pudimos observar algunos cromosomas que se tiñieron, pero eran tan pequeños que no pudimos diferenciar sus partes.





-Cuestiones 
 1. ¿Cuál es el número normal de cromosomas en las células humanas?¿Son las células normales haploides o diploides? 
46 cromosomas diploides (n=23)

 2. ¿Cómo funciona la colchicina en las células y por qué es útil en la metafase?
La colchicina se une a la tubulina e inhibe la formación de los microtúbulos, los cuales son los responsables de la separación de las cromátidas hermanas durante la mitosis. Por tanto, la colchicina detiene la progresión del ciclo celular en la metafase. En este momentos los cromosomas están más condensados y el núcleo ha sido degradado permitiendo la fácil visualización de los cromosomas.

 3. ¿Por qué sólo algunas células muestran los cromosomas mientras otras mantienen el núcleo intacto?
El ciclo celular de las células tiene un tiempo aproximado de 24 horas, y el tratamiento de la colchicina sólo puede durar algunas horas antes de convertirse tóxico para las células. Por tanto, sólo una proporción de células se pararán en la metafase cuando sean fijadas en el portaobjetos. Estas células mostrarán los cromosomas y las otras se encontrarán en otros estados del ciclo celular y el núcleo intacto.

 4. ¿Por qué crees que hay anomalías cromosómicas severas o letales, mientras que otras anomalías son relativamente suaves?
Algunas anomalías autosómicas incluyendo delecciones o duplicaciones conducen a una concentración no adecuada del producto de los genes. Las células requieren una expresión específica de los niveles de sus proteínas y los cambios en los cromosomas pueden llevar a una alteración en la expresión génica. En el caso de la trisomía del 21 (Síndrome de Down), el incremento de los niveles de proteínas producido por un cromosoma extra es relativamente bien tolerado mientras que otros cambios en otros cromosomas autosómicos son letales. Las delecciones o duplicaciones del cromosoma X conduce a producir sólo algunos efectos negativos ya que sólo existe un cromosoma X activo, debido a esto, un cromosoma X extra es inactivado.

5. ¿Por qué una trasnlocación balanceada entre 2 cromosomas conduce a individuos sanos? 
En una translocación balanceada, partes de un cromosoma es intercambiada pero el material genético no se pierde o duplicado. Frecuentemente, el resultado son individuos sanos sin negativos efectos aunque ciertas translocaciones pueden producir una expresión e los genes baja o aumentada produciendo esto una enfermedad.


miércoles, 6 de marzo de 2019

CARIOTIPO EN SANGRE PERIFÉRICA

Cuaderno de prácticas - Biología molecular y citogenética                                    Práctica 1

CARIOTIPO EN SANGRE PERIFÉRICA

1. CARIOTIPO 
El cariotipo es el conjunto de cromosomas, con sus características, número y forma propios de cada especie. Los cromosomas humanos son estructuras organizadas que están en el núcleo de las células y que contienen la información genética del individuo. Están compuestos por ADN e histonas, y adquieren esa forma durante el proceso de división celular o mitosis, en la fase donde ocurre la máxima condensación del ADN, en la metafase.
En la especie humana el número normal de cromosomas es de 46, de los cuales 44 son autosomas y 2 son cromosomas sexuales, XX en mujeres y XY en hombres.
Las anomalías en el número de cromosomas, como las trisomías y las monosomías, son responsables del síndrome de Down (trisomía 21), síndrome de Klinefelter (47, XXY),...
Las anomalías es la estructura de los cromosomas pueden producir el síndrome de maullido de gato (delección en el 5p), translocaciones recípriocas, robertsonianas,...

2. INVENTARIO DE MATERIAL


  • Muestras de sangre fresca en heparina
  • KCl (Cloruro potásico)
  • Ácido acético glaciar
  • Metanol
  • Pastillas de buffer pH 6.8
  • Fitohemaglutinina
  • Suero fisiológico 
  • Giemsa
  • Colchicina 
  • Tripsina 
  • Agua destilada
  • Medio de cultivo enriquecido 
  • Pipetas pasteur de 3mL (rotular como A, B y C)
  • Bote de 100 mL









3. PREPARACIÓN DE REACTIVOS 

En esta práctica haremos dos tubos por cada grupo, así que prepararemos dos tubos de cultivo con sangre y haremos 4 portas distintos. A cada tubo los nombraremos tubo A y tubo B, y llevaran el nombre del grupo G2.

- SOLUCIÓN DE KCl 
 Para preparar 100 mL: 
  1. Pesamos 0,56g de KCl 
  2. Añadimos 100 mL de agua destilada
  3. Disolvemos
Lo almacenaremos a 4ºC, durante no mas de 15 días 

- FIJADOR CARNOY 
 Usaremos 50 mL de ácido acético glaciar y 150 mL de metanol. El ácido acético glaciar está congelado y debemos meterlo en el baño termostatizado a 37ºC unos 20 minutos. 
Lo almacenaremos a temperatura ambiente. 
** A la hora de manipular el ácido acético y el metanol, se debe evitar su inhalación y en la medida de lo posible, trabajar en campana o en una zona muy bien ventilada; nosotros trabajaremos con la campana de extracción de gases.
No nos podemos olvidar, que a la hora de trabajar el metanol debemos usar siempre guantes ( si es doble, mejor) y evitar el contacto con la piel.







- BUFFER pH 6.8 
 Diluimos una pastilla de buffer en 1 L de agua destilada. Lo almacenaremos a temperatura ambiente. 








- TRIPSINA 
Usaremos 1 mL de tripsina, 40 mL de suero fisiológico y 40 mL de buffer pH 6.8. Almacenaremos la tripsina a 4ºC, no más de 15 días. 

- GIEMSA
Necesitaremos 10 mL de colorante giemsa y 90 mL de buffer pH 6.8. Lo almacenaremos a Tª ambiente. 

4. PROTOCOLO DEL CARIOTIPO 

Para realizar esta práctica ( y todas) tendremos que seguir la técnica aséptica, es decir, utilizar siempre los EPIS y desinfectar nuestra zona de trabajo para evitar la contaminación. Utilizaremos siempre papel de filtro para nuestros puestos de trabajo, materiales estériles y cabinas de flujo laminar. 

4.1 Siembra de sangre periférica 
Cada grupo descongelará un tubo de medio de cultivo y lo identificará con el nombre del grupo, en este caso G2. La descongelación se realizará en el baño termostatizado a 37ºC. 
El medio de cultivo consiste en un medio enriquecido óptimo para el crecimiento celular. 

Antes de todo tenemos que realizar la extracción de sangre. En clase, el profesor le extrajo sangre a una de las alumnas y la introdujo en un tubo con heparina. También hubo algunos alumnos que se pincharon con lancetas y recogieron la sangre con un capilar heparinizado.







  • Cuando el tubo esté descongelado, añadimos con una micropipeta:
- 0,25 mL (250 microlitros) de fitohemaglutinina, esta sustancia impide que los linfocitos T se diferencien y queden inmaduros, esto hace que sea posible que se estén multiplicando continuamente. Si se diferencian, no se podrán multiplicar mas.
- 0,4 mL (400 microlitros) de sangre completa, agitando antes de pipetear la sangre.
      
  • Después se agita el tubo para mezclar y se mantiene en la estufa a 37ºC durante 72 horas.





4.2 Sacrificio de sangre

** No olvidemos que son dos tubos, así que todos los volúmenes estarán multiplicados por 2. 
  • Añadimos con la micropipeta en el tubo de siembra de Colchicina, es una sustancia que hace que desaparezca el huso acromático. Antes de añadirla la descongelamos en el baño a 37ºC. Después agitamos suavemente y las dejamos en la estufa a 37ºC durante 45 minutos. 
  • A continuación centrifugamos durante 5 minutos a 1000 r.p.m. Cuando terminemos, eliminamos el sobrenadante con la pipeta pasteur de tranajo (A) y echamos el desecho en el bote de residuos. 
** La pipeta A, es la pipeta de trabajo
** La pipeta B, es la pipeta para rellenar
** La pipeta C, es la pipeta limpia

4.3 Choque hipotónico
  • Lo primero que hacemos es añadir con la pipeta B 5 mL de KCl al tubo, provocando que se produzca la lisis celular de los eritrocitos y que los linfocitos se hinchen. Para ello se deben seguir los siguientes pasos: 
- Primero añadimos 1 mL, pipeteamos y mezclamos despacio con la pipeta de trabajo A. Es muy importante deshacer por completo el botón de precipitación, para ello resuspendemos el botón varias veces. 
- Luego vamos añadimos los otro 4 mL despacio con la pipeta B, a la vez que se va pipeteando con la pipeta A, para que se mezcle bien.
** Un exceso de tiempo puede provocar que los cromosomas se dispersen y las metafases aparezcan incompletas y mezcladas entre ellas. NO nos podemos DETENER es este punto para evitar la lisis celular.
-Centrifugamos el tubo 5 minutos a 1000 r.p.m. Cuando termine, eliminamos el sobrenadante con la pipeta A y echamos el desecho en el bote de residuos dejando aproximadamente 0,5 mL en el tubo. Tenemos que evitar quitar el botón de precipitación cuando se retira el sobrenadante. 
-Añadimos con la pipeta pasteur C 1 mL de fijador . El fijador es una solución carnoy que consiste en 3 partes de metanol y 1 parte de ácido acético. Esta solución se debe resuspender bien con la pipeta A muy despacio. Luego añadir con la pipeta C poco a poco 4 mL de fijador, y resuspendemos con la A.
- Centrifugamos 5 minutos a 1000 r.p.m.
**Se repiten los pasos 7 y 8 del fijador dos o tres veces en total, o hasta que el precipitado esté bien
limpio y blanco. El sobrenadante debe quedar prácticamente transparente.
Para el tubo A, lo limpiamos y centrifugamos 5 veces en total.
Para el tubo B, lo limpiamos y centrifugamos 3 veces en total.
-Quitamos el sobrenadante con la pipeta A dejando aproximadamente 0,5 mL. Resuspendemos bien con la pipeta A.
-Hacemos las extensiones en portaobjetos limpios, que previamente han estado en un frasco con agua fría metidos en la nevera. Antes de hacer la extensiones etiquetamos cada porta con el nombre del grupo y el tubo al que pertenecen las muestras.
Echamos 4-5 gotas a una distancia de 5-10 cm, para que los linfocitos se rompan al impactar sobre el vidrio, liberando así el material cromosómico. Las gotas las echamos en el centro del porta y las dejamos resbalar inclinando el porta para que se extienda por toda la superficie.
 Al porta A1 le echamos las gotas desde 20 cm de altura y al A2 desde 10 cm de altura.
Al porta B1 le echamos las gotas desde 20 cm de altura y al B2 desde 10 cm de altura.



















4.4. Bandeo y tinción de los cromosomas 

-Lo primero que tuvimos que hacer fue preparar la solución de bandeo mezclando el microtubo de tripsina con el buffer. También preparamos la solución de tampón pH 6.8 y la solución de giemsa.
Echamos las tres soluciones en tres vasos de precipitados y al lado pusimos tres cubetas con varias paralelas para después lavar los portas.
- Primero, con ayuda de una pinzas de madera agarramos los portas y los sumergimos de dos en dos en el primer vaso de precipitado, que es de la tripsina durante unos 4-6 segundos.
- A continuación el segundo vaso, que contiene la solución tampón pH 6.8, que amortiguara la acción de la tripsina. Metemos y sacamos los portas inmediatamente  y después los sacudimos un poquito.
-Por último los introducimos en el vaso de precipitados que contiene el giemsa durante 2 minutos.
Cuando hallan pasado los dos minutos, los ponemos encima de las paralelas, que están en las cubetas, y lavamos el porta con agua destilada.
-Lo dejamos secar o lo secamos con papel de filtro (sin tocar la superficie donde están fijados los cromosomas).
**Si el bandeo se realiza el mismo día que la fijación hay que disminuir el tiempo de la tripsina a 2 segundos.






















4.5. Análisis al microscopio 
Vamos a visualizar las extensiones con el objetivo de 10X, para buscar las metafases. Una vez localizada la metafase, se coloca la misma en el centro del campo de visión, se gira el objetivo y se añade una gota de aceite de inmersión (que veremos con el objetivo de inmersión).
El objetivo de la observación de las metafases consiste en contar el número de cromosomas y comprobar que no tienen ninguna aneuploídia. Identificar los cromosomas mas sencillo por su tamaño y la posición del centrómero.

Nosotros no pudimos encontrar las metafases, así que no pudimos realizar el cariotipo. Pero pudimos ver algunos cromosomas que se tiñieron de giemsa y eran fáciles de distinguir.












5. PREGUNTAS 

1. ¿ En que tipo de tejidos podemos encontrar células en división mitótica? ¿Porque se emplea sangre para la realización de la práctica?
Podemos encontrar células en división mitótica en la sangre, en la médula ósea, en biopsias epiteliales, líquido amniótico, vellosidades coriónicas...
Utilizamos sangre, porque es muy fácil de extraer.

2.¿En que condiciones debe cultivarse la muestra de sangre para poder visualizar los cromosomas? 
Cuando la muestra de sangre esté mezclada con el medio de cultivo, se conservará en la estufa a 37ºC durante 72 horas.

3.¿Qué función tiene la colchicina?
Inhibe la aparición del huso acromático

4.¿Por qué aparecen bandas en el cromosomas después de tratarlo con tripsina? 
Porque al teñirse el cromosoma, crea bandas oscuras y claras. En las zonas oscuras hay una gran mayoría de bases G-C y en las zonas claras destacan las bases A-T.

5.Para poder detectar una aneuplodía (Trisomía en el 21) ¿es necesario hacer un bandeo de los cromosomas? 
No, ya que las mutaciones pueden detectarse en preparaciones citogenéticas mediante la observación de cromosomas metafásicos por microscopía óptica.